本所課程涵蓋六大領域，分別為：
　　(1) 復健諮商研究法及統計課程；
　　(2) 復健諮商理論與研究；
　　(3) 復健諮商實務與社會福利；
　　(4) 復健諮商評量與轉銜；
　　(5) 復健諮商心理學基礎及延伸課程；
　　(6) 復健諮商與輔導，97學年度起最低畢業學分數總計40學分(不含論文指導學分數)，其中必修13學分，必選(一)至少6學分，必選定(二)至少12學分，復健諮商專業及應用選修科目至少9學分，以積極培育身心障礙者復健諮商領域之專業人才。

此外，為提昇研究生畢業之素質，本所並訂定研究生畢業前須投稿並獲錄用刊登兩篇學術性文章。

畢業條件詳見畢業條件表